Stijlkamers
Bestuurskamer
Deze kamer deed in de zeventiende eeuw dienst als antichambre van de slaapkamer in het huis van Hendrick Trip. De kamer stond tevens in verbinding met de garderobekamer. De beschildering van de cassetten in het plafond is grotendeels uitgevoerd door de schilder Nicolaas de Heldt Stockade (1614-1669). Wie de voorstelling in het middenpaneel maakte, is onbekend.
In 1856 was deze kamer een van de tentoonstellingszalen van het in het Trippenhuis gevestigde Rijksmuseum. Deze ruimte heette toen De Staalmeesterzaal naar het schilderij van Rembrandt dat hier werd getoond. Sinds het vertrek van het museum uit het Trippenhuis vergadert het bestuur van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen in deze kamer.
Bibliotheek
Deze ruimte bestaat uit twee gelijke kamers die in de zeventiende eeuw dienst deden als slaapvertrek van Hendrick en Louys Trip. Vingboons ontwierp voor beide vertrekken een alkoof en een portaal waarin zich een spiltrap bevond die met de begane grond en kelderverdieping in verbinding stond. 
In de periode 1815-1817, de jaren dat het Trippenhuis werd verbouwd voor het onderbrengen van de Akademie van Wetenschappen en het Rijksmuseum, maakte architect Abraham van der Hart (1747-1820) een opening in de scheidingsmuur door de schouwen aan weerszijden van de muur te verwijderen. De zuilen die als omlijsting dienen voor deze doorgang, werden door Vingboons ontworpen en zijn afkomstig uit de grote voorzalen. In 1817 werden deze voormalige alcova kamers van de gebroeders Trip in gebruik genomen als bibliotheek van het Koninklijk Instituut. In 1988 verhuisde de gehele collectie naar een modern gebouw aan de Joan Muyskenweg in Amsterdam.
Bilderdijkkamer
Deze kamer deed dienst als antichambre van de slaapkamer in het huis van Louys Trip. De kamer stond tevens in verbinding met de garderobekamer. De beschildering van de cassetten in het plafond is grotendeels uitgevoerd door de schilder Nicolaas de Heldt Stockade (1614-1669). Wie de schilder is van het oorspronkelijk door Louys Trip aangeschafte schouwstuk is onbekend, maar de voorstelling verwijst naar het verhaal van de Romeinse held Mucius Scaevola.
Architect Abraham van der Hart richtte deze kamer in 1817 in als vergaderkamer van de Akademie. In 1855 veranderde deze in een lees- en commissiekamer. De naam Bilderdijkkamer ontstond in hetzelfde jaar toen de collectie handschriften, boeken en tekeningen van Willem Bilderdijk (1756-1831) werd ondergebracht in deze ruimte. Vanaf 1938 is deze kamer weer ingericht als vergaderkamer.
Oude Vergaderzaal
In de zeventiende eeuw was dit de Grote Sael in het huis van Louys Trip. Hier werden de gasten van de familie ontvangen. In de jaren van de verbouwing van het Trippenhuis door de komst van het Koninklijk Instituut van Wetenschappen en het Rijksmuseum (1815-1817) liet architect Abraham van der Hart de scheidingsmuur tussen de twee huizen verwijderen, zodat een grote museumzaal ontstond. In 1855 werd die muur weer teruggeplaatst om de leden van de Akademie in alle rust te laten vergaderen. De tribune was bestemd voor toehoorders bij de algemene vergaderingen.
De plafondschilderingen, in de periode van het Rijksmuseum bedekt met verf en doek, werden tijdens de verbouwing per ongeluk verwijderd. Sinds 1856 gebruikten de leden van de KNAW deze ruimte voor de afdelingsvergaderingen van de Akademie; vanaf 1982 was de nieuwe vergaderzaal, de Tinbergenzaal, in de tuin beschikbaar.
Rembrandtzaal
In de zeventiende eeuw was dit de Grote Sael in het huis van Hendrick Trip. Hier werden de gasten van de familie ontvangen. Nicolaas de Heldt Stockade (1614-1669) schilderde de voorstellingen in de compartimenten van het plafond. Ze verwijzen naar de vrede en de handelswaar van de familie Trip. De grenenhouten vloer van deze zaal dateert uit de bouwtijd van het Trippenhuis.
In de jaren 1815 tot 1817 werd, in verband met de aanpassing van het Trippenhuis voor het onderbrengen van het Koninklijk Instituut en het Rijksmuseum, de scheidingsmuur tussen de twee grote zalen verwijderd, zodat een grote museumzaal ontstond. Op de wand waar nu de schouw is geplaatst, was het schilderij De Nachtwacht van Rembrandt te zien. Op de tegenoverliggende wand de Schuttersmaaltijd van Bartholomeus van der Helst. Sinds 1887, na het vertrek van het Rijksmuseum naar de Stadhouderskade, heeft de Akademie de beschikking over deze Rembrandtzaal.
Thorbeckekamer
Vanaf 1730 werd het zuidelijke deel van het Trippenhuis bewoond door Elisabeth van Loon, die was getrouwd met een kleinzoon van Louys Trip. Zij liet het huis in de jaren 1732-33 verbouwen naar de mode van die tijd. De oorspronkelijke entreehal ging dienst doen als zijkamer.
De kamer heet sinds 2001 Thorbeckekamer, naar de staatsman Johan R. Thorbecke (1789-1872), bekend van de Grondwet van 1848. Thorbecke was lid van het Koninklijk Instituut, de voorloper van de Akademie en heeft in zijn functie van Minister van Binnenlandse Zaken een belangrijke rol gespeeld in de geschiedenis van de Akademie. De KNAW heeft een Thorbeckefonds voor onderzoek naar zijn leven en werk.
Lorentzkamer
Deze kamer diende in de zeventiende eeuw als kantoor (Comptoir) van Louys Trip. In de jaren 1732-33 werden het plafond, de schouw, de wandindeling en bekleding veranderd met als resultaat dat de kamer tot op heden een achttiende-eeuwse uitstraling heeft. In de kamer staan het bureau en de zetel van H.A. Lorentz. Lorentz was hoogleraar theoretische fysica in Leiden en voorzitter van de Afdeling Natuurkunde van de KNAW. Hij kreeg in 1902 de Nobelprijs voor Natuurkunde.
Na de restauratie van het Trippenhuis van 1988 tot 1991 kreeg de kunstenaar Jan Dibbets de opdracht van de Rijksgebouwendienst om een plafondschildering te maken in de achttiende-eeuwse lijst. Dibbets gaf het veld een donkergrijze kleur. Daarin bracht hij een cirkelvormige kleurenfoto aan, een perspectivisch vertekende opname van een rond, open venster in de ruïne van Soissons.