De Middelnederlandse handschriften van de KNAW bevatten beroemde werken van Jacob van Maerlant, zoals Der naturen bloeme, de Rijmbijbel en de Spiegel historiael. Door de vele miniaturen van de meest exotische creaturen is Maerlants natuur-encyclopedie Der naturen bloeme een lust voor het oog. Zo mogelijk nog fraaier is zijn Spiegel historiael, overgeleverd in 48 handschriften waaronder het exemplaar uit de KNAW het enige geïllustreerde is.
De KNAW-collectie bestaat verder uit manuscripten van grote zeventiende-eeuwse schrijvers als Vondel en Hooft, de Huygenscollectie, historische handschriften, taal- en letterkundige manuscripten, geschreven verhandelingen over natuurkundige zaken, de historische en kunsttheoretische werken van Humbert de Superville en de wetenschappelijke nalatenschap van Van Swinden.
Van Swinden speelde onder ander als medeoprichter van het Instituut tot zijn dood in 1823 een grote rol in de wetenschappen in de tweede helft van de achttiende en eerste decennia van de negentiende eeuw. De nagelaten aantekeningen van Van Swinden weerspiegelen het brede terrein van zijn bezigheden. Ze handelen over maten en gewichten, elektriciteit, wiskunde, mechanica en natuur- en geneeskunde. Waardevol zijn ook de door Van Swinden verzamelde gegevens over het weer.