In 1938 krijgt de Akademie haar huidige naam. Aan de naam van de Akademie wordt het woord 'Nederlandse' toegevoegd: voortaan zou het de 'Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen' zijn. De 'k' werd niet in een 'c' veranderd, in weerwil van alle spellingsregels, want de Akademie houdt vast aan de Griekse wortels. De 'akademie' dankt haar naam aan de Akadèmeia, de filosofenschool van Plato. Die had zijn school opgericht op een veld buiten Athene dat hij voor dat doel had gekocht, en dat in mythologische tijden aan de Griekse held Akademos had toebehoord. In het Latijn is het wel 'academie' met een 'c'.
De nieuwe Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen kon slechts kort van haar nieuwe naam genieten. Op last van de bezetter moest het 'Koninklijke' onmiddellijk - het bevel kwam al in augustus 1940 - uit de naam verdwijnen, zodat we in de oorlog slechts de 'Nederlandse Akademie van Wetenschappen' hadden.
Direct na de oorlog werd de nieuwe naam in ere hersteld. De zuivering van enkele in de oorlog foute leden, zoals de Leidse hoogleraar Jan de Vries, voorman van het 'lettergilde' van de NSB, heeft nooit de officiële verslaglegging gehaald.