Het Hubrecht Instituut, gesticht in 1916, is genoemd naar Ambrosius Arnold Willem Hubrecht (1853-1915), hoogleraar dierkunde en embryologie aan de medische faculteit van de Rijksuniversiteit Utrecht. Hij was een van de eerste hoogleraren in Nederland die de evolutietheorie van Charles Darwin en diens The origin of species omarmde. Rond 1882 startten zij een briefwisseling. Een deel van deze brieven is bewaard gebleven.
Hubrecht legde een grote collectie embryonaal materiaal van zoogdieren aan, voornamelijk uit Nederlands-Indië. In zijn tijd bestond wetenschappelijk onderzoek vooral uit ‘verzamelen en observeren’. In de loop der jaren zijn andere belangrijke soortgelijke collecties uit het buitenland toegevoegd. In 1967 is ook de collectie van de in Australië werkende James Peter Hill (1873-1954) opgenomen. Deze collectie bestaat uit embryo’s van buideldieren uit Australië, Afrika en Zuid-Amerika uit het begin van de twintigste eeuw.
Om de collectie beter voor studie beschikbaar te maken, is deze in 2004 in bruikleen gegeven aan het Museum für Naturkunde in Berlijn, een onderdeel van de Humboldt-Universität. Een aantal cultuurhistorische onderdelen kan men bekijken in het Utrechts Universiteitsmuseum.